Хидрографския режим в община Любимец е резултат от непосредственото влияние на река Марица и нейните притоци. В обхвата на общината, реката е с широко легло, ниски брегове и със силно променлив воден режим. Течението е бавно, в широко легло – средно 200-250 м. ширина. През летните месеци водите й намаляват и леглото й се изпълва с множество пясъчни острови. За предотвратяване на пролетното разливане на реката, в застрашените участъци, са изградени защитни диги.

Най-големия приток на река Марица е р. Бисерска. Тя идва от с.Бисер, протича през земеделски земи и се влива в Марица, северно от гр.Любимец. По на север, от Сакар планина в Марица се влива и р.Селска река – от землището на с.Йерусалимово – с непостоянен дебит, зависещ от годишните сезони. През землището на с.Васково преминава р.Водна, която тече по границата на общината и при с.Младиново преминава в община Свиленград.

В Източните Родопи, по-големите долове, спускащи се в яз. Ивайловград са Тополов дол и Бозалишки дол. Тополов дол събира водите северозападно от с.Вълче поле, а Бозалишки дол е с водосбор от североизточните и източни склонове на Родопите. И двата дола са с непостоянен воден режим, със стръмни брегове, тесни в горните си части, които се разширяват при вливането си в язовира. В общината има множество суходолия, чиито легла се заливат при топенето на снеговете и силни валежи, но водата в тях не се задържа продължително.

Водните ресурси се формират главно за сметка на оттока на р.Марица и нейните притоци, по-значителен от които е р.Бисерска. Дължината на р.Марица на територията на общината е около 9,897 км.

Друг източник за формиране на водно-ресурсния потенциал са подземните грунтови води. Те са акумулирани главно в речните тераси на Марица и притоците й. Използват се за питейно-битово водоснабдяване.

Като цяло територията на общината се характеризира с малка водоносност. Това са дължи на малката водоностност на Сакар и Хасковска хълмиста земя, които заемат значителна част от нейната територия, а малкото количество валежи, характерни за общината (средногодишно 500 л/кв.м), предполагат задължително интензивно напояване, което от своя страна затруднява питейно-битовото водоснабдяване в някои населени места.

Общият брой на изградените водоеми, на територията на общината е 148, с обща площ  151,8 ха. Използват се предимно за напояване на обработваемите площи. Освен тях са изградени и 7 язовира с обща площ от 383,8 ха, от които частта от яз. Ивайловград, попадаща в общинските граници – 347 ха.